Mit der Entstehung des Generalbasses um 1600 beginnen die Komponisten, die instrumental gedachten Stimmen ihrer Werke mit konkreten Besetzungsangaben zu versehen. Dies steht in direktem Zusammenhang mit der Entstehung der Oper und setzte sich in den Geistlichen Konzerten und Geistlichen Oratorien fort. Dem entsprechend sind die meisten frühen Instrumentalstücke, die mit originalen Besetzungsangaben versehen sind, als Intermedium, Symphonia oder Sonata entstanden, also als instrumentale Einlagesätze in größere geistliche oder weltliche Vokalkompositionen. Dabei wurde die Klangfarbe der Blockflöte meist dann gewählt, wenn es in den monodischen Gesangsstücken um Liebe, Liebesschmerz oder um das Hirtenmilieu geht.
In den ersten eigenständigen Instrumentalstücken dieser Zeit beschränken sich die Besetzungsangaben oft auf Bezeichnungen, die den menschlichen Stimmlagen entsprechen, z. B. Soprano oder Basso. Als die Melodieführung instrumentenspezifischer wurde, lauteten die Angaben dann meist Violino, Cornetto, Fagotto oder Trombone. Weil der Flauto, also die Blockflöte, nur selten genannt wurde, ist die Anzahl der originalen Blockflötenkompositionen aus dem 17. Jahrhundert gering. Den Angaben zu den solistischen Ricercate von Aurelio Virgiliano (um 1600) ist zu entnehmen, dass das entscheidende Kriterium für die Besetzung von instrumentalen Soprano-Stimmen der verlangte Tonumfang war. Geeignet für die Blockflöte sind also in erster Linie Werke, die ohne zahlreiche Oktavierungen spielbar sind.
Nahezu gleichzeitig zur frühen monodischen Instrumentalmusik existierte eine Praxis, Diskantstimmen von Motetten und Madrigalen zu diminuieren, wie wir es in ähnlicher Weise von Jacob van Eyck kennen. Die drei bis fünf übrigen Stimmen des polyphonen Satzes wurden dazu für ein Tasten- oder ein Zupfinstrument „intavoliert“, also in einer Tabulatur zusammengefasst. Diese Diskant-Diminutionen sind teils vokal, teils instrumental gedacht, haben aber meist keine Besetzungsangabe. Je nach Tonumfang ist dieses Repertoire auf Sopran- oder Altblockflöten spielbar.
In der monodischen Musik des 17. Jahrhunderts, die heute von den professionellen BlockflötistInnen aufgeführt wird, dominieren Stücke, die original für Violino oder Cornetto geschrieben wurden und deshalb auf der Blockflöte nur mit größeren Eingriffen in die originale Melodik wiedergegeben werden können. Dieses Repertoire wird in dieser Literaturliste nur deshalb erwähnt, weil einzelne Stücke daraus ohne größere Eingriffe auf der Blockflöte spielbar sind.
Für die Wiedergabe des Repertoires des 17. Jahrhunderts werden heute oft sogenannte „Ganassi“-Blockflöten eingesetzt. Dieses Flötenmodell ist an Bauprinzipien der Zeit um 1535 orientiert, also an Instrumenten, die etwa 100 Jahre älter sind als das Blockflötenrepertoire des 17. Jahrhunderts. Der Ganassi-Typus ist jedoch historisch, spieltechnisch und meist auch klanglich ungeeignet für monodische Musik. Falls keine Blockflötenmodelle des 17. Jahrhunderts zur Verfügung stehen, kommen ersatzweise auch Barockblockflöten oder moderne Blockflötenmodelle mit großem Tonumfang in Frage.
